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我國建成世界首個水稻基因索引數(shù)據(jù)庫_當前要聞

2023-04-13 20:44:49來源：科技日報  


(資料圖)

科技日報武漢4月12日電 （蔣朝常 記者吳純新）記者12日從華中農(nóng)業(yè)大學獲悉，該校張建偉教授課題組聯(lián)合國內(nèi)外高校與科研團隊，以代表亞洲稻群體結構的高質量基因組為對象，構建并全面分析基因組倒位圖譜，建成了世界上首個基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數(shù)據(jù)庫——水稻基因索引數(shù)據(jù)庫。相關研究成果發(fā)表在《自然·通訊》與《分子植物》。

亞洲栽培稻是世界一半人口的主食。預計2060年至2070年，世界人口數(shù)量將增加到約100億，科研人員迫切需要培育產(chǎn)量高、營養(yǎng)豐富、綠色環(huán)保和氣候適應性更強的新品種。

張建偉介紹，全球有約500萬份水稻種質及其野生近緣種，這些資源的基因組變異中（單核苷酸多態(tài)性、插入缺失、倒位和易位等）蘊藏著品種改良的重要信息，對其開展基于泛基因組的多組學研究具有重要意義。

水稻基因索引數(shù)據(jù)庫可為每個水稻基因建立一張“綜合圖文信息卡片”，實現(xiàn)不同功能和常用數(shù)據(jù)庫之間的快速鏈接，記錄包括OGI、基因通用名、序列、功能、表達等基本信息，并以可交互示意圖展示該基因轉錄本結構、可變剪接事件、同源關系網(wǎng)絡圖和系統(tǒng)發(fā)育樹等。

該平臺能為用戶提供豐富的模塊和工具，方便研究人員對不同種質基因以及基因同源關系進行查詢、分析和可視化，為全球水稻研究學者提供免費在線檢索和分析服務。研究人員可以通過關鍵詞、序列、同源關系等3種方式在數(shù)據(jù)庫中進行搜索，并在微觀和宏觀尺度對種質間基因組共線性進行分析和可視化研究。

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